幾霜::残日録::2005/06/24 (金)

 

移籍先を探しています。系統樹推定法やメタバーコーディング法などに詳しい研究者を探している方がおられましたらご一報下さい。

2005/06/24 (金)

ベイジアン系統推定とモデル選択 - 12:25:03

 MrBayesではpartition毎にかなり自由にパラメータをバラバラにできるので、じゃぁpartition毎にモデル選択もして、全体で一つのパラメータのモデルと比較してモデル選択をすべきやないか、ということで先日から悩んでいたわけですが、こちらは北大のK保セソセイからご教示いただき、BICをどう扱うかが解決。結論としてはpartition毎にモデル選択基準を算出して和を採るのではなく、尤度の和とパラメータ数の和とサンプルサイズの和からBICを計算しないといけない、ということ。まー、なんというか、感覚的なものなので説明しろと言われても困るけど。

Parametric Bootstrapとは - 11:53:46

 粕谷セソセイの解説キターー! いや、すごくよくわかりました。あー大体こんな感じかなというところまで来ていたのですが、名前が邪魔をして「氷解」に至らなかったのですが、おかげさまでようやく到達できましたよ!

Modeltest 3.7 - 00:58:30

 塩基置換モデル選択用ソフトModeltestがバージョンアップしています。今回のバージョンからBICの算出に対応したようです。

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