幾霜::残日録::2005/11/16 (水)

　月曜日に届いたので計算統計IIの前に読んでいます。三中先生や久保先生がおっしゃるように、確かにMCMC・ベイズ統計入門として非常に優れた本であることは間違いありませんが、お二人が書いているようにあっさりと読みこなせるような本でもないと私は断言できます。
　MCMCを用いた解析を実際に私は何度も行ってきており、まぁこんな感じだろうというイメージがあったので良かったものの、全くの初心者には全く理解不能でしょう。でも、イメージがある人ならp15までにMCMCの核心は言われる前に自分で思いつくでしょう。そういう人が読めば最高の本になるでしょう。説明は平易なので、頭が柔らかくて、意味の理解できない部分を無視して先に進める人には確率論や統計的推定の入門書としても読めると思います。色々と説明無しに新しい言葉が出てきて後から説明する部分が多いので、理解できないと詰まってしまう私には予想以上に辛い本です。

　内部演算用のライブラリがマルチスレッドに対応していてもほとんど効果は無いのね。ま、マルチスレッドにするまでもなく一瞬で終わる演算なんでしょう。やはり本体がちゃんとマルチスレッド化されてないとダメか。MrBayes 3.1.1のMPI版くらいしかフルにCPUパワーを生かせるプログラムは無いってことか。あ、あとClustalW-SMPとRか。

　略してACML。Intel Math Kernel Libraryのように、自社製CPU向けにチューニングしたBLASやLAPACKなどの数値計算用ライブラリを集めたもの。最初はすごく期待したのですが、マルチCPU版がPGIとPathScaleコンパイラ用にしか提供されていない。意味無し。

　libgotoが共有ライブラリしか提供していないので困った。うちの環境のiccでは諸々の事情で必ず-staticでコンパイルする必要があるのですが、libgoto.aだけ足りないせいでコンパイルできない。-staticオプションを使いつつ.aが無くて.soがあるものはダイナミックリンクにすることはできないものか。

追記 - 19:05:20
　libgoto.soファイルを直接iccのコマンドラインオプションに指定すれば通った。
　あと、-staticを付けなくてはならないのはiccの吐くバイナリがlibcxaを要求するからなんですが、これもlibcxa.aをオプションに与えるか(これが面倒だった)、-static-libcxaオプションを指定すれば良いようです。

　ま、そのままg++でコンパイルするなら簡単だと思うんですが、iccでコンパイルしたりするとちょっと面倒。っていうか、すごく間抜けなことに、-lstdc++を指定し忘れて小一時間悩んだ。iccはCもC++もコンパイル用のコマンドは共通なので気付くのが遅れた。でもって、LAPACKをifortでコンパイルしたら、iccでリンクできないのね。-lg2c経由でFortranなライブラリにリンクするにはg77でコンパイルしないといけないらしい。ifortにlibg2cに相当するものは付いてないのか?と思って探したけどよーわからん。

　ATLASは用意した。あとはLAPACK。さて、libgotoとATLASはどちらが速いか。

　昨日、ベイズ法を最尤法と一緒くたに書いてしまいましたが(修正済)、最節約法にベイズ推定(MCMC)を組み合わせることもできるんであれは正確ではないですな。MCMCの利点は最尤法や最節約法のような基本的に総当たり探索が必要なのをなんとか回避できることかなぁ。
　それと、本来はベイズ統計とMCMCもまた峻別する必要があるんでしょうね。

　即ち!! libgotoやATLASによる高速化の恩恵が受けられるだけでなく、マルチスレッドにも必然的に対応しているということだ! ウヒョーー!

　133OTU、740bpのデータで100 replicateやりましたが問題なく終わりました。

　要するに誰か作れと言いたいのです。私はもう5つ作ってしまったので作れないのです。

追記 - 02:19:05
　Gentooも無いやないか。しゃーない、Linuxで妥協するか。でもロゴが無いぞ?

追記 - 09:28:15
　リナザウリングがあった!

　Java実行環境をJava2SE 5.0 update 5に入れ替えて(前はupdate 2)、Mesquite自体も1.06へ更新したら異様に起動が速くなった。実行環境の方が速くなったのかもしれません。

　ウルマーシマトビケラかなぁ? どう見ても違うやん。何書いとんねん。ウンモントビケラ属の何かかと思います。

激良いので必ず買え！
だそうで。写真見ていたら滅茶苦茶欲しくなってきました! でも30マンエソもありません! っていうかそんなお金があったらPowerMac G5 Quad買ってLinux入れます! ひーごめんなさいごめんなさい。

　今日は三重県多気郡大台町林製茶の緑茶。