幾霜::残日録::2007/02/21 (水)

　アライメントを改善してNChains=5・SwapAdjacent=Yes・NSwaps=4に設定を変更した解析をメインマシン(WinXP)でも走らせ始めました。順調にASDSFが増大中・・・。交換試行増やして温度レンジ広がったし交換試行は隣接系列に制限したんやからデフォルトよりは高速に収束する可能性が高いと思っているんですけどねぇ・・・。

　マリアージュのダージリンを用いたアールグレイ。浸出時間3分。

　下記「実名と匿名」でリンクした記事の続編。毎日の「ネット君臨」企画はタイトルからして意味不明で中身を読んでさらにがっくりというかむかついた大型企画でした。もうなんというか、ステレオタイプに当てはめて捉えた思いこみの発露にしか見えなかったものです。それにしてもこのインタビューは笑えますね。そんなに答えられないのなら最初から断ればいいのに。これらが本当なら毎日新聞の稚拙・無能・不見識には目を覆うばかりですね。

　ITmedia荻窪氏によるレビュー。通には気になる部分もポジティブすぎる感が無くはありませんが、感度別の比較やMモードの使い勝手も記述されています。MモードでAUTO(ISO800)を薦める辺りよく分かっておられる(私が使うならそうするでしょう)。個人的にはかなりクラッと来ています。これで広角28mmと黒モデルがあれば完璧でした。

Firefox用東北大学付属図書館蔵書検索プラグインのインストール

　残念なことに電子ジャーナルリストの方はPOSTメソッドに制限されていてFirefox 1.5では検索プラグインを作成しても検索できない。

Firefox用本やタウン検索プラグインのインストール

　こちらの検索プラグインだと有隣堂にしか発注できず、生協での受け取りができないので作成してみました。

Firefox用ウォッちず検索プラグインのインストール

　いつのまにか検索できなくなっていたので更新しました。

　今更感バリバリですがついさっき見つけたので。

　実際、重要なのは実名か匿名かではなく、その名前がその人にとってどの程度の価値を持つのか(その気になれば簡単に捨てられるのか)、ということと、それとも関連しますがその名前による過去の発言の蓄積があって、読み手がそれに自由にアクセスできるのか、ということでしょう。

　中澤先生によるPDF形式テキストとRスクリプト、データ。なんかすんごい気合い入ってるんですけど。説明の順番が極めて私好みで(笑)、しかも前提としているソフトウェアはRであるという点が素晴らしい。図示→記述統計→線形モデル→ノンパラ→GLMなんて完璧じゃないですか。これであとモンテカルロ・ブートストラップ関連とベイズ推定関連があったらパーフェクトですね。

　この論文の存在は気付いていたのにM中セソセイのページで見るまでこれが系統的多様性を扱ったものだとは気付いていなかったOTZ。

　方法としては、南アフリカ喜望峰周辺の植物相からシーケンスしまくって得たデータで系統解析して枝長から系統的多様性を算出し、さらにNPRSで分岐年代推定して年代からも同様に計算している。その結果、分類群の数は従来思われていたほど系統的多様性を反映してはいないことが判明している。まさに私が河川底生生物群集でやろうとしていたのとほぼ同じことやん!! ただNPRSなのが微妙ではあるが、分子進化速度が一定に近いのなら問題は少ないでしょう。

　でも植物相全体だと分類群として相当に広いよなぁ。しかも使っているのは葉緑体rbcLだけやし。まぁこの辺の妥協が系統的多様性の適用の難しさを物語っている。

　要するに、算出に膨大なコストがかかるということ。広範な分類群から広範囲の系統的多様性を算出するには、現実的にはシーケンスを減らすために個体数・地点数や遺伝子座数が犠牲になるってことですな。しかし対象分類群を広範にすればするほど一遺伝子での枝長・分岐年代推定値は怪しくなる。

　なぜなら、現状の系統解析では系統樹全体で分子進化モデルは変化していないと仮定しているからです。ですから、祖先的な分類群と派生的な分類群では分子進化モデルが本当は変化していても、平均化されてしまっています。

　また、一遺伝子では、その遺伝子が高速に進化するなら遠い分類群間の遺伝距離の推定値は怪しくなるし、低速に進化するなら近い分類群間の遺伝距離推定に解像度が不足します。進化の遅い遺伝子を使って大きな分類群間の系統樹を作成した上で、進化の速い遺伝子で作成された比較的狭い分類群内の系統樹と結合して系統的多様性を算出するのが現実的な対処法になるでしょう。

追記 - 10:26:57
　しかし筆頭著者はForestさんですか・・・。名前通りの研究されてるんですねぇ。

　浸出時間30秒。少し短かったかも。いや、むしろ葉っぱが少なかったか。微妙に薄い。

　autoinferと同様にNCAを自動化するソフト。autoinferよりも自動化が進んでいるそうです。

　しかし、このレベルで載るのになんで俺のはrelatively minor improvementなのかと・・・以下略。absolutelyって書いてあったら文句は無いんですけど。あーもう思い出してむかついてきた。あ、以下略になってないよ(爆)。