幾霜::残日録::2008/02/28 (木)

　コードの見直しをしていたら、全くコードの内容が理解できない部分に遭遇。俺は一体何を考えてこんなコードを書いたんだろうか。うーーん。

　某誌を見ていたら、驚くほど新しさの無い論文が平然と載っていた。なんでこんなクソ論文が載るんだよ。こんなやっつけ仕事でこの雑誌に1本かぁ・・・。ボロい商売やなぁ。うまやらしい。

　ものすごい勢いでどうでもいい内容が増加。閲覧ウィンドウを半分以上スクロールしないと肝心の論文のタイトルが見られないのはいかがなものか。いよいよRSSに完全移行するときが来たかなぁ。

　ABIのフラグメント解析データを閲覧・編集できる無償ソフトウェア。

　apple_camellia氏に訊かれて答えたのですが、コメントでは分かりにくかったり端折った部分もあるのでまとめておきます。

Windowsの場合
　KB Basecaller(比較的最近のABI Sequencing Analysisに同梱)が使えるなら、Phredを導入する必要は無いでしょう(あって困るものでもありませんが)。KB Basecallerが使えないなら、Phredを入手しましょう。KB BasecallerとPhredは、シーケンスによって得られる4蛍光波形から塩基配列を決定し、そのおおよその信頼性を算出することができます。これにより、信頼性の高い塩基が連続している部分は目を皿のようにして見る必要が無くなり、省力化に繋がります。
　ここで、contigが1本ならSequence Scanner(ab1形式専用)やFinchTV(ab1/scf両対応)から直接FASTA形式の配列ファイルに書き出してすぐ解析に用いても構わないでしょう。2本ならBioEditに同梱されているCAPで結合することもできます。3本以上(2本でも構いませんが)なら、KB BasecallerやPhredで.phd.1形式のファイルに書き出した上で、.phd.1ファイル群をphd2fastaとphrapでassembleしてaceファイルを作成し、これをBioLign(ZIPファイル直リンクにつき注意)で開いて確認、編集するのが最もスマートなやり方だと思います。こちらの解説ページが参考になります。

MacOS X / Linux / FreeBSDの場合
　シーケンサ制御マシンでKB Basecallerが使えるなら、ベースコール済のファイルを取ってくればよし、使えないなら、Phredを導入しましょう。contigが1本ならFinchTVや4Peaksで確認・編集して配列ファイルに書き出せばいいでしょう。2本以上なら、KB BasecallerかPhredによって.phd.1ファイルに書き出して、phd2fastaとphrapでassembleし、Consedを使って確認・編集されることをお薦めします。岐阜大の鈴木さんによる解説や東北水研の斉藤さんによる解説が参考になるでしょう。

　昨日一昨日はゆっくり自宅休養していました。このところ休んでいなかったのでたった2日ですごい久しぶりに研究室に来た気がしてしまいました。

　と言えば、猫写真の撮影と猫写真の撮影と猫写真の撮影だな。・・・・そういうことかーーー!!

　やはり1.2kgを切るという話はガセでしたね。個人的にはこれのせいで次期VAIO type-Sが1.8" HDDを採用したりしないかが心配です。type-Tが1kgを切ってくれたりすると最高なんですけどね。type-Gが光学ドライブ内蔵＋ワイド液晶搭載で1kgを切るのでも可。まぁ当分はVAIO PCG-TR2Eのままでしょうけど、小型軽量ノートでまともな英語キーボードが使えるのはもはやVAIOしかない(ThinkPadは高いし重いしdynabookは英語キーボードモデルが売ってない)ので、期待しています。

　それにしても、SSDが主流になるのは何年後でしょうね。3年以内と私は見ていますが、付加価値を付けたがるメーカーによっては、ドライブの価格は安いのに搭載モデルは高いという現象は起きるかもしれません。それまで今のノートを保たせるか、それとも1世代間にはさむかが問題です。

追記 - 08:17:42
　ふと思ったのですが、X300のスペックって、液晶の解像度はともかくとして、それ以外はVAIO type-Sを省電力CPU搭載にしてHDDを1.8"にしてカードスロット省いてバッテリ容量を半分にしただけで実現できるんじゃないの? つまりパーツの入れ替えだけで実現可能なレベルじゃないかと。そう考えると全然大したことない気がしてきた(少なくとも技術的には)。X300買うくらいならやっぱtype-Sのが良いなぁ。駆動時間と重量的にはtype-Tなんですけど、1台ですべてまかなうマシンとしてはtype-Sでしょうね。type-Tでは少々非力＆HDD容量不足なのと、ドッキングステーションのDVI端子の有無がメインを任せられるか否かの分かれ目かな。

　あぁー、時間が時間がぁ〜。くそ、俺は今月何をやっていたんだ!