2012/03/29 (木)
◆ [Science|Software] easyPAC [Evolutionary Bioinformatics] - 21:59:21
なんか良さ気な縮重プライマー設計ツール。普通の1本の配列や、整列済みの配列群、配列群から生成したコンセンサス配列から縮重プライマーが設計できるみたい。良いんじゃないでしょうか。そのうち作ろうと思っていたのですが、メインでやる仕事でもないなーと思っていたので助かります。
◆ [Science|Software] デノボトランスクリプトームアセンブラ - 21:07:34
デノボトランスクリプトームアセンブラがやっていることって、ふつうにアセンブルした後、コンティグ対コンティグBLAST/BLATで相同性検索し、ほとんど一致するのを見つけたら、それらはゲノム中の同じ配列由来とみなし、エクソンやイントロンを同定するって感じでええんかな。既存のアセンブラと組み合わせられる、コンティグ対コンティグBLAST/BLAT以降を行うだけのソフトってないんやろか。
◆ [Science|Software] RDPClassifierで問題に遭遇 - 20:06:54
以下の属名と科名が2つの分類群で使われていてエラーになる。
Eutrapela
Heterochaeta
Orthotomus
Automolus
Chilodontidae
以下の種が「種」が空欄なのに「亜種」にされてしまっていてエラーになる。
Ornithoptera euphorion
Hellula hydralis
Napeogenes aethra
Astyanax lacustris
Archaeoattacus malayanus
Nephilengys livida
Rana chosenica
後者はNCBI Taxonomyの問題だと思う。
追記 - 20:49:26
Orconectes virilisがspecies complexということで複数のsubspeciesに分けられている。うーん、とりあえずspeciesにしといてくれませんかね・・・。Tetramorium alpestreとTetramorium impurumの交雑個体?がTetramorium alpestre x Tetramorium impurumとして登録されているのも勘弁。他にもDanionella sp. 'South Myanmar'とかDanionella sp. 'Jorai River'とかも。
◆ [Science|Software] SAP動いた - 19:37:04
ソースコードを修正して動くようになりました。まず、Pythonは2.6系を使います。2.7系や3.x系で動くかどうかはわかりません。
で、インストールしたら(インストール前でもいいですが)、Homology.pyを開いて、813行目と976行目の〜.replaceをstr(〜).replaceに書き換えます。どうも型がわからないようで、None型にされてしまって、None型にreplace()なんてメソッドはないよとエラーが出るのです。str()で囲むことで、文字列型へと変換されるので、エラーが出なくなります。
