http://www.ikushimo.com/ 霜月橘水のうぇぶさいと。モバイル、電子辞書、時事ニュース、セキュリティ、コンピューティング、本業の研究関連の話題を扱う。 http://www.ikushimo.com/news/2010/03/10.html#0310-5 MacバイナリをリコンパイルしてTigerで動作するようにした。蓑さんでcodemlによる尤度計算をサポートした。デフォルト設定でInvariantを無効にした。デフォルト設定で塩基・アミノ酸頻度パラメータの最適化を無効にした(データの平均値に固定)。蓑さんでcodemlで尤度計算する場合にSite-Specific RateやN-GAMやAutocorrelat... 2010-03-10T21:42:26+09:00 http://www.ikushimo.com/news/2010/03/10.html#0310-4 -isysrootオプションを付けるだけでLeopardでは通っていたのですが、Snow Leopardでは色々ファイルが無いと言われて困っていました。また、コンパイルできたバイナリも実際にはLeopard上で走らなかったりしました。が、-mmacosx-version-minオプションを併用することでうまくいくようです。具体的には以下のようにすることで... 2010-03-10T17:40:59+09:00 http://www.ikushimo.com/news/2010/03/10.html#0310-3 予報では朝には止んでいるはずだったので外に出てみましたが、自転車で帰るのはまだきつそうでした。というわけで居室へ逆戻り。 2010-03-10T06:07:20+09:00 http://www.ikushimo.com/news/2010/03/10.html#0310-2 名古屋市立大と福岡女子大(いずれもリンク先はPDFです)で教授・准教授・講師いずれかの公募が出ていますね。名古屋市立大はパーマネントっぽい。分野は進化学・遺伝学・生態学などみたいです。いずれも31日まで。　福岡女子大の「英語で授業できること」っていうのは厳しいなぁ。準備にものすごい時間と労力をかけられるのな... 2010-03-10T05:53:55+09:00 http://www.ikushimo.com/news/2010/03/10.html#0310-1 さすがにポスターそろそろやばいなと思い始めた。ので今から作り始めます。 2010-03-10T03:33:15+09:00 http://www.ikushimo.com/news/2010/03/09.html#0309-4 4年生が卒研発表お疲れ様会で余った食物をしこたまタッパに詰め込んで持ってきてくれた。えらい! NMZさんの日頃の教育の賜である。 2010-03-09T20:37:29+09:00 http://www.ikushimo.com/news/2010/03/09.html#0309-3 6時半、みぞれが降る強風の中計算科学まで行ってミーティング。しかし、うちのボス(棟続きの部屋の住人)しか来ていなかった・・・。何のために我々はあそこへ行ったんだ。 2010-03-09T20:35:03+09:00 http://www.ikushimo.com/news/2010/03/09.html#0309-2 昨日練習していた3人は午前の発表。ちょーっと直ってない部分とかもありましたが、滞りなく終了。3人とも進学なので研究は続けるわけで、頑張っていただきたいものです。 2010-03-09T12:38:50+09:00 http://www.ikushimo.com/news/2010/03/09.html#0309-1 先日購入したUSB 3.0接続のHDDが、1週間ぶりのバックアップをしようとして電源入れてもPCに認識されませんでした。ケーブルかケースかHDDのどれかまたは複数が壊れたのでしょう。カードは別の外付けHDDを接続して問題なくアクセスできたので大丈夫でしょう。　まずはケーブルを交換することでケーブルをテスト(USB 2.0ケーブ... 2010-03-09T01:08:36+09:00 http://www.ikushimo.com/news/2010/03/08.html#0308-4 PAUP*やTNTのTBRは、内分枝を一つ選んで抹消することで系統樹を2つの部分木に分割し、その2つの部分木から枝を1つずつ選んで接続するというもの。TBR探索では、これらが全ての内分枝・部分木の全ての枝の組み合わせで候補樹形が作成され検討される。　MrBayesのExtending-TBRでは、内分枝を無作為に1つ選び長さを変え、一方... 2010-03-08T23:04:04+09:00 http://www.ikushimo.com/news/2010/03/08.html#0308-3 やっぱりMac版バイナリのテストにはMacが要るよなーということでMac miniを検討。スペックからしたら高いのですが、まぁ6万円なら許容範囲か。でもほぼこのテスト専用機になってしまうのに、そんなことに6万円を費やすというのもばかげている気がする。うーどうしよう。いっそのこと中古品でも買うか。 2010-03-08T21:27:47+09:00 http://www.ikushimo.com/news/2010/03/08.html#0308-2 フランス・スペインに卒業旅行に行っていたM2が帰筑。お土産のアメを口に入れたらみな顔をしかめることに。「香水の味」としか表現しようのない品でした。ものすごく不味かった・・・。 2010-03-08T21:05:21+09:00 http://www.ikushimo.com/news/2010/03/08.html#0308-1 午前の発表練習で以前からあまりに良くなりすぎていたのが一人いて驚いた。それなりに時間があったとは言えあれだけやれれば上出来。 2010-03-08T12:46:04+09:00 http://www.ikushimo.com/news/2010/03/07.html#0307-6 朝食用の卵を忘れていて慌てて買いに行ってきた。そしたらなんかめっちゃ外が寒かった。三寒四温とは言うもののこのところの変動の激しさはさすがに体に堪える。だからと言って暖かくなればその日は花粉?で激しい頭痛や肩こりに悩まされるという・・・。痛し痒し。どっちもつらい季節やな。桜咲く頃にはそれも治まるのですが... 2010-03-07T23:29:29+09:00 http://www.ikushimo.com/news/2010/03/07.html#0307-5 先月のアクセスは1日平均11,108ヒット、3,606ページビュー、1,303ユニークユーザーでした。まぁ検索エンジンのクローラーが多いので、仮に半分(さすがにこの見積もりは多すぎると思いますが)がクローラーだとすると約650人の人間が訪問している計算になりますね。その半分以上が研究者か学生でしょうからざっと300人はその手... 2010-03-07T22:31:36+09:00 http://www.ikushimo.com/news/2010/03/07.html#0307-4 結局、徒歩で買い物へ。まずは腹ごしらえということで大成軒で麻婆麺650円。それから歩いて駅前へ。Q'tの花水木でドイツの人へのお祝いの品を探すもあまりめぼしいものは無し(そう言えば他の二人にも何か用意した方が良いかなぁ)。ライスシャワーというサクランボと何かのフレーバーティーをいただきましたが、ものっすごい... 2010-03-07T21:11:43+09:00 http://www.ikushimo.com/news/2010/03/07.html#0307-3 また買い物に行けないじゃないの。追記 - 16:10:51まだパラパラと降っている。ダメだこりゃ。うーん、歩いて駅前に行くしかないかなぁ。ちょっと荷物持って移動するには距離がある気がしますが・・・。 2010-03-07T06:26:04+09:00 http://www.ikushimo.com/news/2010/03/07.html#0307-2 今日はうまく入れられた。うまい。しかし袋に書いてある「冷たいミルクを2、3滴加えてどうぞ」というのが意味分からん。そんなちょっとだけ入れるのに意味あるのか? 今はちょうど牛乳を切らしてしまってできないが、今度やってみるか。 2010-03-07T04:20:40+09:00 http://www.ikushimo.com/news/2010/03/07.html#0307-1 先日ぎょーむ日誌に書かれていて鼻血噴いていたのですが、現物が出てきて大・興・奮!!　BUGS言語をC言語に翻訳する機能があり、CPUネイティブなコードでMCMCを走らせることができるらしい。また、多系列対応で、系列数だけCPUを使えるとのこと。　早速伊藤さんがお試しになった結果を掲載されています。今後が楽しみです。 2010-03-07T02:54:28+09:00 http://www.ikushimo.com/news/2010/03/06.html#0306-4 理由はそれかい!　特命係がいなくてもトリオ・ザ・捜一が正解には到達していたでしょうね今回は。逃亡に間に合ったかどうかは別として。　「捜査なんてのは、推理だとか何とか、そんなもんじゃありません。」　この時点では、ここが笑いどころだってことが分かりませんでした。最後まで見てからこのシーンに戻るとかなり笑え... 2010-03-06T23:42:08+09:00 http://www.ikushimo.com/news/2010/03/06.html#0306-3 外に出かける気が失せてしまった・・・。買い物に行きたかったんですけどねぇ。やっぱり車は必要ですね。 2010-03-06T16:54:06+09:00 http://www.ikushimo.com/news/2010/03/06.html#0306-2 非常に新しい分岐の年代を推定する際の最大の問題点は、非常に古い較正点からあまりに離れていて精度があまり期待できないということでしょう。しかし、この論文では13〜11万年前の化石から得られたミトコンドリア全ゲノム配列データを較正点とすることでこの問題をある程度解決しています。なるほどその手があったかという... 2010-03-06T03:35:46+09:00 http://www.ikushimo.com/news/2010/03/06.html#0306-1 そもそもハマダラカが臭いを感知していることも知りませんでした。生物の持っているセンサーのメカニズムって面白いなぁ。しかも役に立ちそうだ。ハマダラカの場合は攪乱できればマラリア被害を防げるし、人工的に作成したりコンピュータに繋げられれば人感センサーにも応用できそう。 2010-03-06T03:21:44+09:00 http://www.ikushimo.com/news/2010/03/05.html#0305-4 しょぼしょぼする。花粉だな。早く終わってくれ。 2010-03-05T16:11:50+09:00 http://www.ikushimo.com/news/2010/03/05.html#0305-3 塩基と違って尤度計算の速度はcodemlの方が上。かなり驚き。ただ、アミノ酸頻度パラメータの最適化ができないのと、ガンマ補正を使ったときの尤度の値がTreefinderとかなり異なるのが気になる。理由は今のところ不明。追記 - 03:01:58いきなり尤度の違いの原因が判明。結論から言えばcodemlのバグ。ちょうど4.4で修正された... 2010-03-05T02:58:24+09:00 http://www.ikushimo.com/news/2010/03/05.html#0305-2 蓑さんのcodemlによる尤度計算は無事動作。ほぼ一発で問題無く動作したのには我ながら驚いた。まぁ実は尤度計算と関係無いルーチンで1カ所問題があったのですが尤度計算ルーチンじゃないのでノーカウントということで。　ただ、計算結果が正しいのかはもっと精査する必要があります。それでも計算が止まるようなバグは現時点... 2010-03-05T02:04:44+09:00 http://www.ikushimo.com/news/2010/03/05.html#0305-1 昔そんなCMがあったなぁ。　という話を以前書いたなぁと思って検索したら2004年と2008年の2回も書いていた。 2010-03-05T01:08:57+09:00 http://www.ikushimo.com/news/2010/03/04.html#0304-4 今日はISD研とTQNG・OHS研の4年生による卒論発表練習。ISD研は起きられず欠席。もう2回目らしいが1回目も欠席だった。すまん。　TQNG・OHS研は3時過ぎから先程までかかった。私は4時前まで某氏の降誕会だったので遅れましたが。　それに比べてうちの4年生は全然練習していないどころか論文書くとか分子実験に手を出そうかと... 2010-03-04T21:06:57+09:00 http://www.ikushimo.com/news/2010/03/04.html#0304-3 うあぁーー・・・すげーねみー。 2010-03-04T12:30:10+09:00 http://www.ikushimo.com/news/2010/03/04.html#0304-2 やりすぎた。起きられないかも。追記 - 10:39:17起きられた。ただ、起きていられるかが問題だ。 2010-03-04T05:34:02+09:00 http://www.ikushimo.com/news/2010/03/04.html#0304-1 Release Candidateになってからどんだけ改訂してんだという気はしますが、codemlを同梱することでTreefinderが無くてもとりあえずモデル選択ができるようにコードを追加している。が、それなりの改変が必要であったま痛くなってきた。テスト項目も増えてしまうのでこれも頭痛のタネ。あーやだやだ。早く終わりたい。 2010-03-04T00:39:32+09:00