Comment on 2013-11-13

Negative constraintですね。残念ながら、それはできません。現在対応しているのは、Positive constraintです。つまり、特定のsplit(s)を「含む」樹形しか探索しないというものです。以前はそれもできなかったのです。RAxMLは対応していましたが。

×「除外」という制約できるように　
○「除外する」という制約ができるように
日本語が変でした。ごめんなさい。

「ExaMLは樹形制約を課した系統樹推定が可能に」というのは、任意のノード（グルーピング）を含む樹形は「除外」という制約できるようになったという理解でよいですか？