幾霜

　お、少尉じゃないですか。

　気になって調べたところ、まだご存命なんですね。そりゃそうか。亡くなっていたらニュースになるだろうし気付かないわけ無いですよね。実際に従軍した経験を持つ方々には長生きしていただきたいもんです。

　リンク先は概要PDFダウンロードページ。「Download」からPDFが落とせます。「関連アイテム」から学術会議と科学技術会議に送られた提言全文を落とせます。

　大ざっぱに言えば、「無駄な単年度使い切り予算ヤメロ」、「無駄な事務手続き・書類大杉減らせ」、「死蔵機器活用方法整備すべし」、「機器購入時の中間マージンでかすぎ減らせ」という至極当然のことが書いてあります。これまで何度も何度も話が出て、それでも実現できなかったことですが、政権交代もしたことですから是非実現していただきたい。

　へぇー。

　池に氷が張っていました。まだまだ寒いですね。でも寒さマックスなのに確かに春が近付いているのを感じるのは経験から来る錯覚なのか、本当に何かを認識しているのか。

　「なんば」、「あじない」、「お造り」は使いましたけどねぇ。他人に伝わらないので滅多に使いませんけれども。でも地元ではまだ使われていると思います。特に「お造り」はごく普通に使っていました。頻度的には「刺身」の方が伝わりやすいせいで負けていたとは思いますが、和食の料理店では「お造り」の方が多かったような気がします。

　「なんば」、「あじない」は祖父母が存命の頃に頻繁に使っていました。私自身は「なんば」は祖父母との会話以外ではあまり使っていなかったと思いますが、「あじない」は小さい頃は使っていたと思います。

　自宅用の緑茶。朝っぱらから2杯。うまうま。

　自宅から落とせないので明日(もう今日だが)ダウンロードして読む。

追記 - 06:28:55
　まだじっくり読んだわけではありませんが、今のところなんでこれがアクセプトされるのかわからん。

　角さん論文を引用してくれている論文を新たに発見。これで14件目。まぁそれは良いんだが、まずは次の論文を出さないと・・・。

　明日は某申請の〆切。早く書かないと・・・。あーでも眠い。耐えられん。

追記 - 23:48:33
　夕方から3時間ほど意識を失っていたが、せっかく朝型生活になっているのでさっさと終わらせて共同研究者に送った。さっさと帰ってさっさと寝る。あーでも3時間の意識喪失が影響するかも・・・。

　3月の学会出張手続き。入力欄いっぱい。わけわかんねー。

　新車はディスクブレーキなので制動力はかなりのものなのだが、高速状態から急ブレーキをかけると体が前に吹っ飛ぶ気がする。というわけでそこまで強いブレーキ力が必要なのだろうかと少し思う。まぁそれでも無いよりあった方が良いしリムの汚れに左右されにくいのは良い。

　それはさておき、細々としたメンテナンス用品や防犯用品を買う必要もあって結局自転車本体以外の出費がそれなりにかさんでいる。一つ一つは大したこと無いのだがまとまるとそれなりの額になってしまう。

　今日は痛いくらい寒い。自転車が変わって巡航速度が上がったこともあるでしょうが、それだけではないと思う。

　晩飯は大成軒で肉そば。あっちっち。

　新しい自転車の初乗りということで筑波山へ。出発したときは大したことなかったのですが、筑波山の麓に付く頃には強風で前に進めないほどに。あまりに強いのでさっさと筑波山を後にして大学へ。

　とりあえず、新車の乗り心地はかなり良かった。前輪はサスペンションが付いているので段差のショックはほとんど伝わってきません。ただ、後ろは無いので多少ガタつきます。その際に金属音がするのですが、どうもスタンドのバネが弱くて振動してフレームに当たっているような気がします。

　風呂にお湯を張ろうとしたが、栓をするのを忘れていた。重症だな。

　東の地平線が燃えるように紅い。つくばへ来て何度もこんな朝を見たが、この現象は美しいと思う。

　コケの方が怖い。

　珍しく小町ちゃんがヒロイン役になっているのに驚いた。っつーか引っかかるなよ子鬼。しかし引っかかったところでお屋敷立てるのはやりすぎでしょ(笑)。

　やばいくらい面白い。ヒー苦し。やっぱ連載よりアニメの方が面白いわ。それにしても連載からの遅れがちょうど良いくらいを維持しているのがすごい。ときどきコスト削減で間を入れているのが良いのかもしれない。

　エンディングの紫煙が鼻水に見えて仕方なかった。

　とりあえずお手軽にglmmML()かglmer()でglht()でもするかと思ったのですが、動きません・・・。Rもmultcompもlme4もglmmMLも古いので、更新してみることにします。

追記 - 06:46:52
　R-2.10.1にglmmMLとlme4とmultcompを入れました。glmmML()はそれでもダメでしたがglmer()はglht()と組み合わせて動作しました。

　実験デザインが拙かった。メインではないが、調べたいことを調べられないデザインになっている・・・。何故なら各処理で1試行しかしていないからだ・・・。つまり、n=1なのである。先日n=1の修論に衝撃を受けたが、これも相当に酷いミスだ・・・orz。

追記 - 05:51:41
　何とかやりようはあるような気がしてきた。

　系統的ロジスティック回帰法について述べた論文。論文中の例では、アフリカのantelopeの例を用いている。antelopeが捕食者に出会ったとき、隠れる(=0)か逃げる(=1)かの比率を目的変数として種間比較を行ったり祖先形質を推定したいときにこの方法を適用している。つまり、解析対象の形質に種内多型(ただしここでは2値)がある場合にこの方法を用いるべきだということになるでしょう。2値データ化できる行動形質などの種間比較を行う際の強力な武器になるのではないでしょうか。ただ、Matlab用に実装していてソースも公開されていないのはかなり大きな欠点ですね。

　横綱としては珍しい悪役キャラが、優等生しかいない感じの関取達のキャラを立てていて、相撲を面白くする要因になっていたと思います。暴力事件を起こして優勝直後に引退というのは残念です。すぐに事態を収拾して続けて欲しかったですね。結局、最後の立ち会いでは白鵬に負けたとは言え、最後の場所では優勝しているわけで、まさに勝ち逃げ。朝青龍自身よりも、彼を目標にしてきた他の関取達への影響が大きいのではないでしょうか。「次こそあいつに勝つ」と頑張ってきた人もいるでしょうし。

　今日のセミナーで、データに100:0や0:100があって、ロジスティック回帰時に問題となるから、普通ならRのglm()ではcbind(値, 総試行数-値)を応答変数にするところを、cbind(値+0.5, 総試行数-値+0.5)を応答変数とした、とか言っていたんだが、ふつうそんなことやりましたっけ? 仮にやらないとしたら、ではどうすればいいだろうか? 確かにlogit linkだと分母が0になるとまずい気はしますが・・・。

　思わず1本買ってしまった・・・。

　白い!

　子鬼騙されすぎ(笑)。

　でもうすいさんの絵は怖がってなかったっけ? あとおかめも。

　素晴らしい・・・のだが、カーソル描画エンジンを独自実装しているソフトでは動作しないとのこと。FirefoxやWordが該当する。

　私はATOKでパレットを日本語モード時のみ表示するようにしているのですが、それでも入力モード切り替えを忘れて入力し直しが頻繁にあるので、これがもっと多くのソフトで使えると大変助かるんですけどねぇ。というかたまにパレットが何故か表示されなくなったりMS-IMEやNatural InputになってしまってATOKに戻せなくなるバグは一向に直る気配が無いんですよね。

　大企業の思惑に踊らされるのは好きではないし、地元には節分に恵方巻を食べる習慣が無かったのですが、巻き寿司が好きなので恵方巻は食べています。ボッタクリ価格なら食べないところですが、案外安いので実際には楽しみにしているくらいだったり。

　今日は早速ローソンの380円恵方巻を食べました。穴子まで入っていたりしてなかなか良かったです。途中、紅生姜が欲しくなりました。

　それにしても、日付が分かっているとは言え、1日限りのイベントのために毎年毎年これだけの量の恵方巻をよく用意できるものだと感心します。土用の丑の鰻もすごいと思いますが。日本の物流企業はすげーな。

　卒論の要旨をチェックしてくれと頼まれたので読んでみた。A4で2ページ以上あるよ・・・。まるで私の毒論の要旨のようだ。と思って毒論要旨見たら4ページあった。というわけで修論に訂正。

　あ、修論は2ページが上限やったけど1ページしか書いてないやん。

　Syst. Biol.の49巻1号p171-179の論文が欲しかったのだが、サイトではその前も後もPDFがあるのに何故かその論文だけPDFが無い! 大学図書館にあるようなので明日コピーしに行くことにする。あーめんどくさ。

　月曜日が〆切。今回は前回の反省を生かして削減されて採択されることを見越して申請書を準備する。

　1月中じゃなかったっけ? そろそろ使い物になるかなと期待しているんですが。3.1.0が酷すぎたので3.0.1のまま様子見中なんですよね。アンチエイリアスは要りませんが(どうせ表示はAdobe Readerなので)編集を繰り返すうちに箇条書きの階層がファイルに保存されなくなったりする不具合をいい加減直して欲しい。あと数式で使える色の制限がきつい問題とか。

　不均一モデルが扱えるC++ライブラリとそれを使って作成された系統推定プログラムなど。下記検定法のC++実装もあり。

　OTU間の形質状態頻度の均質性に関する検定法。Rのコードあり。

　系統樹上の部分木ごとにデータDNA配列のGC含量(に限らず塩基頻度、に限らず形質状態頻度)が異なっているときに誤った系統樹を推定してしまう効果についてシミュレーションで示した論文。MLでのモデル間の違いがきちんと示されていないが、NJ-JCがML-JCとほぼ同じと仮定すると、ML-F81よりもML-JCの方が多少この問題の影響を受けにくくなっていると考えられる。ただ、あくまで多少である。できればRYコーディングなどを用いて形質状態頻度がOTU間で激しく異ならないようにすべきだということになるだろう。もちろん、nhPhyloBayesなどで適用できる不均一モデルの方が望ましいが、これは適用できるソフトウェアが限られる。RYコーディングはきちんとしたデータセットを作ればほとんどのソフトウェアで問題なく利用できる。

追記 - 09:28:00
　第3コドン位置を削除している論文がたまに見られるが、第3コドン位置が誤った系統樹を導いてしまうのは飽和しているからではなくしばしば塩基頻度がOTU間で激しく異なるからである。飽和の問題は統計モデルでかなり軽減できる。だから、削除するのではなくRYコーディングするなどの対処を採る方が良いのではないかと思う。ただ、RYでもだめで、全部Nにするしかない場合にはそれは結局削除するのと同じになる。