幾霜

　また震源が遠そうだなと思いましたがまた福島ですか。このところ東北は多いですね。

　ポスターは完成した。しかし、お湯を出しっぱなしにしてしまい、ガスのカウンターがそれを異常と検知してガスを止められた。お湯は水になり、それまで注がれていたお湯もパー。とりあえず外のガス止め解除してもっかいやらな。

　風呂に栓をせずに湯を張ろうとしてしまつた。ガスと水の無駄遣い。orz。

　昨日の震源は福島だったらしい。そりゃ遠いわ。

　小さい地震。P波とS波の時間差がものすごくあった気がするので震源は遠いんでしょうか。

　ポスター完成度70%くらいか。あとは一番上の概要というか要約の部分を付けてから細かい位置調整や配色を検討するのみ。

　追加申請の結果も来ないので、そんなに時間のかからない計算を自前のマシンで始めてみた。スパコン使うより気楽だしこのまま全部こっちで済ませてしまおうか。あ、でも他にも計算する必要があるんだった。学会中はどちらをやらせておくべきか悩む。とりあえず明日決めることにして買い物へ行く。

　佐川急便遅い。

追記 - 16:51:17
　とか言っていたら電話がかかってきて先程到着。これで何とか生態学会後まで受け取れないのを回避。

　そう言えばスパコンの利用時間追加申請の結果が通知されてこない。却下するにしても早く結果を教えて欲しいんですけど・・・。

　右手人差し指付け根を攣りそうになった。ちょっと酷使しすぎたらしい。腱鞘炎にならないようにこの辺で帰りますか。とりあえずポスターの出来は30%くらい。

　携帯電話を。というわけで今日中に連絡を付ける必要がある方はメールでお願いします。

　しかし、本日は後期試験のため食堂が営業していない! なんでやねん!

　先日の公募、内容的にはどちらもばっちりなのでダメ元でも出そうかとちょっと思ったのですが、業績を振り返って、自分が万が一採用されたら、他の落とされた方に顔向けできないなーと思ってやっぱり出さないことにした。まぁ、あり得ない心配だとは思うんですけど。ただ、どちらもどなたが採用されるのかには興味ありますね。

　あー俺こういう話だめなんだわ。分かっていても耐えられない。

　最終回が何故か録画されていない・・・orz。よりによって2時間スペシャルを失敗なんて欝だ。早く再放送してくれませんかねぇ。

　温度変わりすぎなんだよバカヤロー。今日はあったかいのに・・・。

　MacバイナリをリコンパイルしてTigerで動作するようにした。蓑さんでcodemlによる尤度計算をサポートした。デフォルト設定でInvariantを無効にした。デフォルト設定で塩基・アミノ酸頻度パラメータの最適化を無効にした(データの平均値に固定)。蓑さんでcodemlで尤度計算する場合にSite-Specific RateやN-GAMやAutocorrelated Discrete Gammaをサポートした。とりあえずダウンロードできるようにはしましたが、解説PDFやWebページ中の説明はまだ更新していません。

　-isysrootオプションを付けるだけでLeopardでは通っていたのですが、Snow Leopardでは色々ファイルが無いと言われて困っていました。また、コンパイルできたバイナリも実際にはLeopard上で走らなかったりしました。が、-mmacosx-version-minオプションを併用することでうまくいくようです。具体的には以下のようにすることでTigerで実行可能なバイナリが作成できました。

-isysroot /Developer/SDKs/MacOSX10.4u.sdk -mmacosx-version-min=10.4

　Leopard以降で動作するバイナリを吐かせるには以下。

-isysroot /Developer/SDKs/MacOSX10.5.sdk -mmacosx-version-min=10.5

　なお、gcc-4.2ではTiger用バイナリが作成できないことが多いようですがgcc-4.0を使えばうまくいきました。

　予報では朝には止んでいるはずだったので外に出てみましたが、自転車で帰るのはまだきつそうでした。というわけで居室へ逆戻り。

　名古屋市立大と福岡女子大(いずれもリンク先はPDFです)で教授・准教授・講師いずれかの公募が出ていますね。名古屋市立大はパーマネントっぽい。分野は進化学・遺伝学・生態学などみたいです。いずれも31日まで。

　福岡女子大の「英語で授業できること」っていうのは厳しいなぁ。準備にものすごい時間と労力をかけられるのならできなくはないでしょうけどねぇ。

　さすがにポスターそろそろやばいなと思い始めた。ので今から作り始めます。

　4年生が卒研発表お疲れ様会で余った食物をしこたまタッパに詰め込んで持ってきてくれた。えらい! NMZさんの日頃の教育の賜である。

　6時半、みぞれが降る強風の中計算科学まで行ってミーティング。しかし、うちのボス(棟続きの部屋の住人)しか来ていなかった・・・。何のために我々はあそこへ行ったんだ。

　昨日練習していた3人は午前の発表。ちょーっと直ってない部分とかもありましたが、滞りなく終了。3人とも進学なので研究は続けるわけで、頑張っていただきたいものです。

　先日購入したUSB 3.0接続のHDDが、1週間ぶりのバックアップをしようとして電源入れてもPCに認識されませんでした。ケーブルかケースかHDDのどれかまたは複数が壊れたのでしょう。カードは別の外付けHDDを接続して問題なくアクセスできたので大丈夫でしょう。

　まずはケーブルを交換することでケーブルをテスト(USB 2.0ケーブルしかありませんが)。次にHDDを入れ替えることでケースをテスト。最後にHDDを別の方法で接続することでHDDをテスト。の予定。

　PAUP*やTNTのTBRは、内分枝を一つ選んで抹消することで系統樹を2つの部分木に分割し、その2つの部分木から枝を1つずつ選んで接続するというもの。TBR探索では、これらが全ての内分枝・部分木の全ての枝の組み合わせで候補樹形が作成され検討される。

　MrBayesのExtending-TBRでは、内分枝を無作為に1つ選び長さを変え、一方の部分木との接点をその接点のある枝に隣接する枝に無作為に移し、反対の接点でも同じことを行う。

　以上のように、MrBayesのExtending-TBRは明らかに通常のTBRよりも樹形探索範囲が狭い。というのも通常のTBRでは接点は隣接する枝に限らず部分木上の全ての枝に移すことを検討するからだ。また、Extending-TBRは1回のproposal中に、実際には「内分枝の伸縮」、「一方の接点を隣に移す」、「もう一方の接点を隣に移す」の3つのproposalを含んでいるように思われる。ということは、Extending-TBRでは通常のMetropolis-Hastings法よりもacceptのハードルを下げる必要があるのではないだろうか。MrBayesがそんなことをやっているのかはわからない。だがやっていないのなら過度にrejectされやすくなり結果として事後確率は最大の樹形でより大きな値となると考えられる。

　やっぱりMac版バイナリのテストにはMacが要るよなーということでMac miniを検討。スペックからしたら高いのですが、まぁ6万円なら許容範囲か。でもほぼこのテスト専用機になってしまうのに、そんなことに6万円を費やすというのもばかげている気がする。うーどうしよう。いっそのこと中古品でも買うか。

　フランス・スペインに卒業旅行に行っていたM2が帰筑。お土産のアメを口に入れたらみな顔をしかめることに。「香水の味」としか表現しようのない品でした。ものすごく不味かった・・・。

　午前の発表練習で以前からあまりに良くなりすぎていたのが一人いて驚いた。それなりに時間があったとは言えあれだけやれれば上出来。