2008/08/29 (金)
◆ [Topics] 岡崎の豪雨、1時間で146ミリ - 10:13:59
どんな雨よオイ。
2008/08/28 (木)
◆ [Tea] セカンドフラッシュはサングマが当たり - 21:01:23
幸せ。
◆ [Hardware] 東プレから英語配列テンキーレスのRealforce 86U - 19:01:10
お高いものだよなー。私はMajestouch Tenkeylessの方が良いです。この値段では全マシンで統一するには最低6万円もかかってしまいます。というか東プレの静電容量無接点方式よりもCherry製スイッチの打鍵感の方が圧倒的に好きです。奥行きもちょっとね。ただ、Majestouchはキートップが大きくてキー間の隙間が少なすぎるために意図していないキーに指が触れてしまいやすいことと、Cherryスイッチのほんの少し押し下げるだけで反応してしまう特性が相まってとてもミスタイプしやすいことが難点です。黒軸はかなりマシだとは思いますが。打鍵感と配列は完璧なんですけどねぇ。
◆ [Topics] 民主参院の3人が離党して新党結成 - 18:10:47
こいつらは議員辞職すべきだ。特に比例当選の渡辺・大江両議員は万死に値する。姫井議員も江田五月(参院議長)の支援無しには当選できなかったろうに。
◆ [Music] Forest of glass - 12:05:18
1周目はイマイチかと思いましたが、しばらくして聞き直すと手が震えるほど響いた。聴くときのコンディションにかなり左右されるようです。ゲーム音楽作家としての桜庭氏の作風を期待している方が買うと後悔するかもしれませんが、オリジナル楽曲で構成されたピアノソロとしては珠玉の一枚と思います。むしろクラシックが好きな人にお薦めしたいと思います。このCDは1曲1曲をつまみ食いするような聴き方ではなく、通しで聴いていただきたいと思います。
◆ [Hardware] 現在の光学センサーは「逆転網膜型」 - 03:04:03
人間の目では光学センサーである視細胞よりも内側に視神経が通っています。このため、視細胞に当たる光が減少してしまいますし、視神経の信号を脳に伝える経路の確保のために盲点が生じてしまいます。この問題はイカやタコの目では存在しません。視神経が視細胞の外側にあるからです。
この記事によると、これまでのCCDやCMOSなどの光学センサーは人間の目のように、配線が受光面から見て光の入射する側にあったそうです。今後、イカやタコの目のように、配線を受光面の裏側に形成する技術が実用化され、ノイズ問題が解決すれば、コンパクトデジカメでの劇的な画質の改善が見込めそうです。大型センサー搭載機では超高感度が実用になることで人間の目に近い、もしくはそれ以上の絵を記録できるようになるかもしれません。
2008/08/27 (水)
◆ [Science] 「DNA分類」は何も解き明かさない - 17:18:43
先日の進化学会で「DNA分類が解き明かす知らざれる生物多様性の姿」というワークショップがありました。既に書いたように、私は途中からしか聴いていないのですが、分類学者との認識の断絶を埋めるべく簡単に感想をここに記しておきたいと思います。
まず、このワークショップはタイトルが間違っています。私が聴いていない部分は断言できませんが、私が聴かせていただいた丸山さんと亀田さんの話は、「DNA分類なるものによってこれまでは分からなかった多様性が明らかになった」という話ではありません。彼らの議論には「系統樹」があれば事足ります。つまり、「DNA分類」によって明らかになったのではなく、「系統樹」によって明らかになったのです。DNA分類はその系統情報を分類体系に還元するプロセスであると私は考えます。ですから、そもそもDNA分類は「明らかになった結果」であって、それが何かを明らかにすることなどあり得ないのです。丸山さんの話も亀田さんの話も、分類の話に入ったところから「こじつけ感」や「蛇足感」がありました。その理由がまさにこれです。彼らの議論に分類は必要無いのです。
質疑において、「近縁な分類群でこれくらいの距離で別種とされているからこれも別種でいいと思う」という話がありました。その分類群が、どのような理由で、どのような種概念における別種とされているのか、それはどの程度一般性があるのか、そこまで明らかにしなければ根拠とは言えないでしょう。このような発言がまかり通るのが分類学なのか、と思ったのは私だけでしょうか。
他にも質疑の話を聞いて「何かそれっぽい」感じの言葉であるはずなのに、意味を考えると全く理解できませんでした。徹夜明けの私の脳みそがついて行けなかっただけかもしれませんが、丸山さんは「最後の厳しい質問に対する企画者奥山さんの返答は秀逸だった」とおっしゃっていて、その認識の断絶っぷりに驚きました。
結局、彼らの言う「DNA分類」は昔ながらの「系統分類」と一体どこが違ったのでしょうか。DNA分類は何を明らかにしたのでしょうか。私にはそれを理解することはできませんでした。冒頭の奥山さんの話を聴いていれば理解できたのでしょうか。最後の返答の意味不明っぷりからすれば、私にはとてもそのように思えないのですけど。
私たちは、分類学と系統学の関係をもっと深く理解するand/or整理する必要があるのではないでしょうか。そのためには、あの場に仲田さんがいれば良かったのにな、と終わってから思ったのでした。議論の時間もほとんど確保できていなかったのが残念でなりませんでした。
◆ [Software] R 2.7.2 is released - 16:05:58
最新版2.7.2がリリース。あとで更新しとかんと。
◆ [Music] Tales Of Series Battle Arrange Tracks - 15:25:21
思わず買ってしまいましたが、これはハズレですね。残念。
◆ [Software] 一太郎にまたしてもゼロデイ脆弱性 - 09:56:41
一太郎はもしかすると「世界一ゼロデイ脆弱性の多いワープロソフト」かもしれない。日本の官公庁を狙って攻撃するには最適ですね。
◆ [Book] よつばと! 8 - 09:09:57
本日発売。今から買ってくる。
2008/08/26 (火)
◆ [Hardware] DELL 2709Wが8万円 - 11:48:12
DELLの27型WUXGA液晶が8万円で買える。昨日、某氏をそそのかして買わせてみたのだが、自分でも欲しくなってきてしまった。とりあえず見積書だけ作成して迷い中。まぁ見積書があってもキャンペーンが終わると適用されないのであまり時間は無いだろう。うーーん。自宅のこの液晶の寿命を考えると買い時ではあるのですが・・・。それにしても27型で8万とはまた安くなったものです。24型も6万以下で買える時代ですし。あ、もちろんTN方式ではなくVA方式パネル搭載機種での話です。さすがに大画面でTNはあり得ない。
2008/08/25 (月)
◆ [Hardware] HP LP2475w - 15:25:50
IPS方式24型ワイド液晶で8万円台で買える。しかも入力が豊富(DisplayPort・DVI-I x2・HDMI・コンポーネント・S-Video・コンポジット)。スケーリング機能がまともなら欲しい。
◆ [Life] 製本 - 08:35:13
毒論の製本用原稿は無事に向こうに到着したもよう。あとは製本されたものがこちらへ届くのを待つのみ。
◆ [Hardware] hp 2133、日本語キーボードに仕様変更して販売再開 - 02:45:30
要らねぇーーーー!! なんで選択できるようにしないんだ! 何だこの最下段の配列は! バッカじゃなかろうか。
2008/08/24 (日)
◆ [Science] 進化学会参加記 - 18:21:36
私の参加は1日だけですが。
22日朝、徹夜で製本用原稿の印刷を終えて風呂に入って荷物を用意し、原稿を持って仙台駅へ。仙台駅で予め購入してあった「はやて」指定席券を最も早く東京に到着する07:16仙台発・09:04東京着の「はやて」100号の指定席に変更してもらって乗車。東京で山手線に乗り換えて渋谷へ移動。渋谷から京王井の頭線各停に乗って駒場東大前駅下車。
12号館で参加受け付けを済ませてから郵便局で原稿を速達書留にて発送。13号館2階の休憩室にてコンセントを借りてノートPCでプレゼンスライドの最後の仕上げをする。11時過ぎに作業を終えて12号館でファイルを提出の上、表示確認をする。
昼飯を食べるために食堂を探す。余りにも綺麗すぎて食堂と気付かずに通り過ぎてしまった。ただし出る物に大差は無かった。どちらかと言えばこちらの方がレベルは高い気はしましたが、誤差程度。ポスター会場はこの上の階。
午後のトップバッターなので一応早めに会場入りをしてトークスピードのシミュレーションなどをして過ごす。13:30に本番開始。やや速めで話していく。ほぼ規定通りで終了。質問ナシ。シーーン。おいおい。というわけで座長の方(お名前失念)が質問して下さいました。しかも答えやすくて話の拡がる講演者にとって良い質問でした。感謝。以降は自分のことは棚に上げてメッタ斬り。毒舌注意。
発表後、次の発表の座長を務める。この件は完全に見逃していたのでビックリしましたが、発表前にタイトルと講演者名を読み上げて、終わったら質疑の仕切りをするだけなので簡単でした。アノ人も来てませんでしたし。
しかしこの講演に対する質問は全く話の内容を理解していない質問でした。現在の絶対年代情報は全て物理化学的な年代測定法によるものを基盤としているということも知らないのか(生層序や古地磁気層序の年代もそうだ)。どうも生物学しか知らない人にとってはそういうものらしい。絶望感に打ちひしがれた。講演者もそこまで根本的なところから理解されてないとは想定外だったろう。可哀想に。
3番目の講演は最尤法の高速探索アルゴリズムを開発したというので期待しましたが、アルゴリズム自体はPHYMLのNNIを高速性重視で再実装し、その拡張として最近隣の最近隣まで考慮するCNIも実装して比較した、というものでした。アルゴリズムの開発よりもOTUが増加するほどNJとの速度差が詰まっていくという直感に反する結果が一番面白かった。
ただ、Murphy et al. (2001)のデータを使ってNNIをCNIに置き換えても大して改善しないとおっしゃってましたが、そもそも彼らの樹形をTrue Treeと仮定しての話なので、その仮定が怪しすぎるのではないでしょうか。そこはシミュレーションをしないとダメでしょう。もしかしたら私の聞き間違いかもしれません。どちらにせよもっとNJなどの初期系統樹から最尤系統樹が遠い例で同じような結果が得られるのかを十分に検討する必要があるでしょう。
モデル選択不要論に関しては、私が質疑で疑問を投げかけたように、タンパクコード領域であるにもかかわらず検討モデルはModeltestで検討されているJC69〜GTR+I+Gでしかない点が説得力を削いでいるように思われました。HKYとGTR+I+Gでは平均すると差が無いと言われていましたが、それがコドン置換モデルだったりしても同じかどうかは分からないのではないでしょうか。
この講演で、CNIが樹形探索範囲としてはNNIの数倍程度という話を聞いて、TreefinderのSearchDepth->2が実はCNIなんじゃないかと推測できました。JobbはTreefinderのマニュアルでSearchDepth->2はSearchDepth->1の最大7倍時間がかかると言っているので、尤度最大化以外の部分の計算を考慮に入れれば辻褄は合うのでは。
その次の鰓脚類系統の発表はGAによるML系統樹を出していましたが、信頼性の値がわけのわからんものを使っていて話になりませんでした。良いデータを取っているのに宝の持ち腐れ。既知の系統仮説とのSH検定による比較くらい最低限やってもらわないと(時間制限の都合で切っただけではなくてやってないとのこと)。あと、質疑で言いましたが外群がやや怪しいと感じました。もっと外も用意した方が良いのではないでしょうか。まぁその筋の人に納得できる外群なのであれば良いんですけど。
ここでこの会場を抜けてDNA分類のワークショップへ。キノコの発表途中でした。次の蟻客の発表からちゃんと聴く。が、灰色の背景に黒い系統樹とほっそい明朝体の白い文字で視認困難。分子系統樹を推定することで既存の形態分類では分からなかった形態の進化が判明したというのは分かりましたが、分類の改訂に比重が置かれているせいで形態の進化の面白さについてはイマイチ。洞窟の巻き貝も系統樹見せてこんなに分化してますよ、だから別属ですよと言われても、だから何なのか。分類屋との認識の断絶を感じた。まぁそういう企画なんですけど、真洞窟性の進化とか形態では認識できない多様性にフォーカスした方が遥かに面白い話になるだろうに。分類に囚われて話がつまらなくなっている典型例でした。
この後、とある会場へ行くも「あの人」が暴れていた上に席も空いていなかったので早々にポスター会場へ。葉緑体を取り込むウミウシの研究が面白かった。これは素材の選定で成功してますね。ただ、この事実の発見だったらなちゅれものだったんでしょうけど。あとグリーンヒドラかな。他にも系統樹を使っている研究がいくらかありましたが、NJとかUPGMA・・・。そのレベルで樹形が同じとか違うとか対応しているとかしてないとか言っても国際誌に載りません。統計的にきちんと話を詰めて下さい。NJのブートストラップじゃダメ。cyt-bのデータで軟骨魚類の系統もそんな感じでした(しかも支持率も低かったような)。昆虫の大系統もヘンなクレードの信頼性を出してただけで、有力な対立仮説との比較がなされていなかったように思います。勿体ない勿体ない。また、特に甲虫のOTUが少ないと思いました。甲虫は完全変態する昆虫の中で最も形態的・生態的に多様なので、もっと増やしていく必要があるでしょう。ま、途中経過なんでしょうから今後に期待したいところです。昨年よりは確実にデータを増やしてきていたことですし。
高校生ポスターは昨年と比べると大幅にレベルダウンの感あり。昨年が異常だっただけですけど。今年のポスターを見て安心しました(笑)。このくらいの方が高校生らしくて良いです。でも昨年は私のポスターに話を聞きに来るという頭のおかしな高校生がいた(注:褒めてますよ)のですが、今年はみなさんあまり話を聞きに回っていっていませんでした。せっかく参加しに来たんだからもっと見て回ればいいのに。某氏が審査コメントを全ポスターにそれぞれ書いておられましたが、あれはきつそう。コメントに困るやつが複数ありましたから。
ポスター発表の最中に会場ではサンドイッチと助六寿司、緑茶が振る舞われ、プチ懇親会と化していました。あれで酒が出れば完璧だった。昔、三重大であったベントス学会では懇親会しながらポスターだったのを思い出しました。他の皆さんにも好評だったようです。ちょっと参加費高かったけど。
今回、口頭発表では事前に「持ち込みのノートPCは使えません」と言われているにもかかわらず持ち込みのノートPCで発表を行った有名な研究者の方がいました。付け替えで盛大に時間を浪費していました。事務局の皆さんは偉い先生を特別扱いしていたと言ってよいでしょう。悪しき前例です。ポスター会場で撮影していた方々もちゃんと許可取っていたんでしょうか。許可出しているのならちゃんと腕章なりなんなり付けるようにしてもらわないと。それにしたってグワーッと寄ってビデオ撮影は勘弁してもらいたいですね。昨年のポスターで高校生に説明中にやられて不快でした。撮られる側に何も言わないし。お互い気持ちよくやるには挨拶くらいするでしょ普通。
ポスター発表の終了後、渋谷へ移動して飲み食い。世の中にはすごい変な人がいるものだと以下略。
ま、こんなもんで。
◆ [Life] 寒い - 06:48:26
東京は「過ごしやすくなってきた」という感じでしたが、仙台は完全に「寒い」です。肌着と長袖の二枚ではきついくらい。上着が欲しくなります。
◆ [Life] 起床 - 06:25:31
またすぐに目覚める生活に戻った模様。13時間も寝たのはここ1週間で昨日くらい。今日は製本用原稿の最終チェックと進化学会のレポートをここに書くこと>自分。
2008/08/23 (土)
◆ [Game] ゲームキューブ入手 - 23:20:32
今更ながら任天堂のゲームキューブを入手しました。中古で買うつもりだったのですが、東京で泊めてくれた知人がWiiを買って不要になった(Wiiはゲームキューブ上位互換機なのでゲームキューブ用ソフトも動作する)というのでいただきました。泊めていただいた上にお土産までいただいてしまって感謝感激雨あられ。ちなみにこちらからは手土産を買っていくのを忘れてしまったので何も渡していません(ヲイ)。
さて、バテン・カイトスを入手しなくては。
◆ [Life] 帰仙 - 21:36:11
昨日、無事発表を終えて、プチ懇親会と化したポスター会場から20人近いメンバーで渋谷に行って飲み食いし、日付が変わる頃に知人宅へ到着。3時までWiiで遊んでから寝ると、起きたら午後4時でした(爆死)。というわけで今日の進化学会には参加せず、井の頭公園内を歩き回ってから中央線快速にて東京駅へ行き、そこから「はやて」で一気に仙台へ戻りました。いやはや。





