Comment on 2005-03-15

話が逸れますが、ratchetの探索時間において、個人的には「1回何分」というのは意味が無いと思います。PCの処理速度によって時間当たりの探索領域は全然違いますから。
ですから同じ処理を行ってもTimeLimitオプションの指定では結果が異なってしまう可能性が高くなりますので私はRearrLimitオプションを多用しています。つまり「1回当たりrearrangement何回」なので、計算機のパワーに関係無く議論・比較・検証ができるわけです。

こんにちは、初めての書き込みです。
タクサが700ともなると、ratchet使うにしても毎回の探索時間をどれくらいにすべきか、見当もつかないですね。
あるタクサ数、形質数において何分・何回探索したらbandbの結果と整合するのか、なんて比較研究も出ているかもしれないなぁ、とふと思いました。それよりPAUPから離れるべきなのかもしれませんが（笑）
しかしこんなデータセットで信頼性を出そうなんて、どうしたものだか…(no swappingでブートストラップ？)
信頼性を含めると、やはりベイズに手を出すべきなんですかね。

うーむ、確かにねえ，Parsimony Ratchet で consensus tree を出したりしたら，Kevin が怒りで爆発するにちがいない．草行洞さんは土佐の国で魑魅魍魎に遭遇したんでしょーな．きっと．おお，こわ．