幾霜::残日録::2005/03/15 (火)

　メモ。

　なんすかそりゃぁ!? bootstrap解析のコンセンサスを採るとかMPとMLのコンセンサスを採るなら分かりますが、ratchetでコンセンサス採るのはどうかなぁ。ratchetはあくまで樹形探索の手法でしょう。一つ一つの樹形の意味は無いと思うんですけど。
　尤度スコア上位の樹形のコンセンサス、ということならアリかなとも思いますが、ratchetの1回当たりでどれだけ時間をかけているかによっては尤度の低いものまで入ってしまうので仰っているとおり解像度が下がりすぎるでしょうね。なんか非常にもったいない。実は見えたらマズイ分岐があってわざとやっているんだったりして(笑)。とは言えOTUが700もあったせいでやむをえなかったのかもしれませんね。
　そういう場合(OTUが大量)、私なら確実に一つのクレードにまとまるところからは代表を一つ取り出すことにし、その代表群で解析、bootstrapのstrict consensus treeをconstraintとしてenforceして全OTUでの樹形探索という感じでやりますかね(心配なら代表の取り方を変えて複数回行い、コンセンサスをconstraintとするとか)。というか代表群の解析だけでいいんじゃないかという気もしますが、そうもいかない場合もあるか。クレードの信頼性評価がちょっと難しいですね。うーむ、いっそのことベイズ法(っつーかMCMC)でやった方が手っ取り早いかもしれませんね。アレはアレでどう解釈するのかよく分からないんですが。ベイズ法の勉強せなあかんなぁ。

追記 - 21:09:33
　もう少し考えてみたんですが、やっぱりratchetでコンセンサスはねぇよなー、というのが結論ですね。結局それでもクレードの信頼性は評価できないし。最大の問題は「不均一に解像度が低下する」なんじゃないかと。もちろん、ratchetの回数と1回当たりにどれだけの手間をかけるかにもよるでしょうけど。
　というわけで、ratchetのコンセンサスに基づいて考察を行うのはやはり危ない気がします。信頼性の低い系統樹に基づいて考察を行っている私が言うのもどうかと思いますが。

と人が思っていることが誤解の余地なくわかってしまうことはあまりに多い。
　全く。でも質問されたときに面倒になってそう言ってしまったりする自分がいるのも事実なので気を付けているんですが、なかなか。というわけで最近は本を渡してここを読めといって追い返してます。
　しかし、
相手が学問外的力を充分持っていて、逆襲が怖いが素材は充分おもしろくかつひどいなら、私に知らせるとよい。
と言われても、私の場合は大抵誰が言ったか即バレるしなぁ(笑)。

　同じく。

　メモメモ。

　そんなのは一人もいないと思いますが(笑)。平常時から暴走しているというのなら同意(爆笑)。