幾霜::残日録::2004/10/31 (日)

　滞りなく終了。コメント、アドバイスくれた方々ありがとう。しかし、こう考えられるのでそれを検証するためにこうするという話をしたら「その考えは最近の研究の傾向と一致しない」「だからそういう方向で考えると面白くなくなってしまう」という話が出てきた。しかも教授から。おいおい、じゃぁ何か? 「最近の研究の傾向と一致する(させる)」べき、「面白くなくなる考えは不採用」にすべき、「最近の傾向と一致しないのは面白くない」とでも? そう言っているようにしか聞こえないんですが。科学に面白さは重要ですが、研究の際に「面白くする」のは科学者のやっていいことではないでしょう。それが論理的帰結なら「面白くなくなる」大いに結構。正直、私の中での教授の株が大幅下落。指導教官やなくて良かった。

　MrModeltestを作成されているウプサラのNylanderさんが公開された、PHYMLにモデル選択に必要な計算をさせるためのPerlスクリプト。モデル選択基準にはAIC、AICc、BICが利用できます。BICが使えるのが重要ですね。階層化尤度比検定は実装されていませんが、私はあの方法が嫌いなので問題無し。
　内容自体は結構単純です。Perlをかじった人ならやってることはすぐ分かるでしょう。
　また、これで遂にPAUP*無しでモデル選択できます。結果はMrBayesのモデル設定コマンドで出力もできます。最尤法でやりたい場合は改めてPHYMLでそのモデルを指定して解析すればOKなので、最尤系統推定でもPAUP*を捨てられます。PAUP*の価値はこれで激減ですね。最節約法を使う場合とratchet法を適用したい場合には未だPAUP*の価値はありますが、自腹で大枚はたいて買ってまだ半年も経っていないので泣けます。

　あーやっぱそうなんですか。なんか映像でもそんな感じがしてましたし、報道陣の人数も多すぎるんじゃないかと思ってましたが、やはりというか何というか。無論ここに挙げられている内容が本当かどうかは分かりませんが、報道見る限りでは正しそうな気がする。

　今回の被害者家族の態度は極めて常識的、良識的(私がこんな言葉使うなんて!)であったと思います。被害者のご冥福とご家族の悲しみがいつか癒されること、そしてイラクに平和が訪れることをお祈り申し上げます。

追記 - 17:59:56
　しかしなんでまた左翼マスコミはあんなにも必死に自衛隊派遣に対するネガティブなコメントを関係者から引き出そうとするんや? 恥を知れ。

　分かった。成る程。そういうことか。なかなか面白い話になってきましたよ?

　とりあえずセミナー用に現状の手持ちデータで系統樹を描いてみた。MrBayesでMCMCツリーを描いて出力、Mesquitoで見やすいように枝を入れ替えたりしてから印刷。うーむ、なんじゃこりゃ。すげぇ解釈の難しい樹になっとるんですが。