幾霜::残日録::2005/03/19 (土)

　先ほど放送していた「空へ」が凄かった。感動した。歌も良いけど映像があまりにも凄すぎてぶったまげた。再放送があると思うから録画しようそうしよう。そしてバク天のパラパラマンガへ。

　そして兵糧も尽きたし、下界に降りるかな。

　先日酒井先生が書いていた「不気味の谷」を思い出した。

　そういえばここ数日更新されてないなと思ったら、屋久島の調査でお忙しいのでしょうねきっと。それとも通信手段が制限されとるのか。

　をぉ、素晴らしい。どんどん正確な時刻同期の重要性が増しているので助かります。PC録画とかで内部クロックがずれるとお嘆きの方はNTPサーバとの時刻同期を検討してみると良いですよ。Win2k/XPは標準で同期機能がありますし。動作中の機能に支障を来さないように、いきなり時刻を変えたりせずに少しずつ修正したりと、なかなか芸が細かい実装だったりするらしいですよ。

　とりあえずこんな感じのアルゴリズムで良いんだろうか?

1. とりあえず各OTUの枝長をハッシュで格納し元の文字列から抹消
2. ()は重複しないタグに変換
3. 各タグごとの枝長もハッシュで格納して抹消
4. 元の文字列はそのままにテンポラリの文字列を作る
1. 起点となるOTUと並列なOTUを探す
2. もしあればそのOTUとの距離は自分の値+そのOTUの値とし、ハッシュに格納しOTUを抹消
3. 繰り返す
4. 一番近いタグを探す
1. それが閉じタグで、リストが空ならそのタグの値をリストに格納してタグを抹消
2. それが閉じタグで、リストの最後の値とそのタグの値が一致するなら最後の値を削除してタグを抹消し次へ
3. 閉じタグなのにどちらでもない(リストが空でもなく最後の値とタグの値も一致しない)ならそのタグの値をリストに格納してタグを抹消
4. 開始タグならそのタグの値をリストに格納し開始タグを抹消
1. 直下にOTUがあるのかを確認する
2. もしあれば自分の値とリストの全値とそのOTUの値の和をハッシュに格納
3. 繰り返す
5. 繰り返す
5. 繰り返す

　そして3月15日は古代ローマのカエサルが暗殺された日。現代のカエサルさんも大変そうです。

　スゲェ。音符で絵を描いてやがる。ここは一つこれを演奏しきってみせるスゲェ演奏家の登場希望。

　ふと窓の外を見ると白かった。

　しかしPHP5・・・orz。なんでダメかって? 私がPHP嫌いだから。個人的には今のなつみかんにRSSの更新時刻からページの更新を検知する機能が付けばそれでいいんですけど。中澤先生みたいに自分で作るというのもアリですが、んなヒマ全然無いんですよねぇ。困った。

　行き詰まってきたので頭を冷やすべく研究室内をうろうろしていたら、ある人の席の付箋紙に「表現型的 henotypic」と超汚い字で書いてあって、何故かツボにハマって苦しくなった。筆跡を見る限りその席の主ではなく先生が書いたもののような・・・。そうか、表現型は「へのたいぷ」なんだな。これから多用しよう(笑)。

　先日紹介したr8s bootstrap kitではダメなんじゃないかと思って考えていたのですが、そもそも樹形を固定する必要って無いんじゃないか、という考えに思い至りました。有根化してNPRSを適用した樹形でのOTU間の距離の1/2(分岐年代)に基づいて95%信頼限界求めればええんとちゃうか? 樹形を固定していないから「壁」は原理的にできないし(0の壁は無くならへんけど)。しかもこれならクレードの信頼性を推定するbootstrap解析の結果得られる樹形群が流用できる。うわーお、すんばらしいアイディアなんでないかい? 早速実装〜♪しようとしたら樹形ファイルからOTU間の距離をデコードするのが案外面倒で悩む。脳味噌腐ってきとんのぉ。