幾霜::残日録::2005/04/16 (土)

　mixiの進化生物学コミュニティでそんな質問が。えー、なんか定説ってありましたっけ? 幼虫時に必要無いものを削ぎ落としておいて必要になってから作るようにしているとか、分散・生殖のステージとそれに至るまでの成長ステージで有利な形態が違うから使い分けているとか? って、言い換えているだけで同じことか。あとは幼虫のステージが捕食圧を逃れるのに有利とか? 基本的なことなのに案外分からんもんやな。最近、真剣にそういう考察を行った研究ってあるんかな。

　とか言ってみるテスト。
　そうそう、そういう話が聞きたかったんですよ。MCMCの利点はある程度分かってきたんですが、MCMCの欠点が私の中で漠然としているんですね、今はまだ。だから私の中ではMCMCは実用段階に到達していないわけです。
　ただ、最節約法・最尤法における樹形の「探索」が気持ち悪いという考えもまた正しい感覚ではあると思います。これらの方法を使いまくってみれば、初期系統樹によっては本当の「最節約・最尤系統樹」に到達できないことがあることを体験するはずです。もちろんratchet法などのワザによってある程度対処できますが、程度問題でしかないと思うのは致し方ないでしょう。OTUが増加すると総当たりとかBranch and Boundなんて現実的にはとても無理ですし。
　というわけで、技術的問題と哲学的問題を切り分けて、それらの衝突する領域のどこに妥協点を見出すのか、私にはまだよく分からない。

　うはー、目立つなぁ。搭載機能はこれでもかというくらい全部込み。しかし横置きで使うのか。それはちょっと。