幾霜::残日録::2007/02/09 (金)

　表だけを回転するのはgraphicxの\rotatebox{}を使えば簡単ですが、\caption{}を回転させることができない。\caption{}は諦めて、中身だけ取り出して回転させてみたが表かキャプションのどちらかが縦方向に必ずずれてしまう。どちらか一方なら思い通りになるんですが。

追記 - 18:01:53
　表のページは独立しているのでportlandの\landscapeを使ってみたが、こうするとページ番号まで回転されてしまうし、PDFがコマンド一発で作成できなくなるので困る(この辺はdvipdfmxやLaTeXがアホなのが悪いんだが)。

追記 - 18:14:29
　lscapeのlandscape環境を使って解決。

　これなんとかならんのか。

追記 - 13:14:01
　こちらのPDFに設定法が書いてありました。

　年度末予算消化で購入したカラムやBigDyeやTaqが届く。BigDyeとTaqは冷凍品なので速攻で冷凍庫へ。やけに梱包材が多くてちょっと疲れた。っつーか予算の出所を聞いていなかったので送り主の名前に困惑した(笑)。

　トビケラの系統解析やっていてすごく悩んでいるのは、次元(というかスケール?)が二つあるということです。河川の上流−下流という次元と、地理的(北−南)な次元。温度が大きな要因であるのならば、これら二つの要因にはおそらく交互作用がある。どうやって推定すべきだろうか。

　とりあえずは交互作用は置いといて2段階の推定を考える。河川内の種間で上流−下流方向の祖先生息域推定を行った上で、種内ハプロタイプ間の地理的な分布から各種の祖先生息域推定を行うアプローチですが、本当にそれでいいのか。仮にいいとして、1段階目・2段階目の推定を具体的にどうやってやるのかが問題だ。この問題は修論前後からずっと考えているんですが未だ良い方法が思いつかない。ごくふつーの祖先生息地推定をまずはやってみてから考えるしかないか。

　ガーーン!!

目指しているのはWhyじゃなくてHowの解明だということがわかりづらかった(明瞭に区別できる話し方をすべき)
なぜその問題に注目するのか・研究するのかが理解しづらかった(その器官の表現型形質がその分類群の進化にとって極めて重要だから、ごく近縁な種では進化していないその器官の摩訶不思議な表現型がその種で進化した生態学的・分子遺伝学的メカニズムを明らかにすることは有意義である・・・ということでいいのかな)
遺伝距離が相対的にモデル生物に近いことはわかったが絶対的な距離、おおよその分岐年代がわからなかった
その表現型が進化している枝がどこなのかわからなかった(枝かOTUの色分けで図示すべきで、多分あの表現型が進化したのはごく最近だろう)
その表現型の意義の説明が納得できなかった(もう一方の表現型に対する利点に説得力が無い)
が、後に「生育期間の長短」「水中に浸かる」という話が出てその表現型の利点に納得がいった(なんでイントロのところでそれを挙げないのか? 過去の研究では挙げられていなかったのなら考察部分で強調すべきでは)
実験に用いた種子の親をどういう条件で生育したかとかいう話はあったっけ? もしくは各条件にランダムに割り当てたとか
全体的に生態学的プロセスの解明がぬるい
モデル生物に近縁な生物での現象をモデル生物のノックアウトで説明するのはやはり違和感が残る(生態学的プロセスと分子遺伝学的メカニズムが「接触」しておらず「隙間」が残っている・・・がまぁその辺はしょうがないところではある)
つまるところまだ道具が発展途上で難しいところが色々あるがだからこそうまく使うことでこれまで不可能だった事象へアプローチできるということはわかった(けれどもそれはすでにわかりきったことである)

　基本的に、印刷体の論文画像をプレゼンスライドに貼り付けるのはやめた方が良いです。媒体特性が違いすぎます。また、本質的にはどうでもいい「生態学的・分子遺伝学的アプローチの統合」というお題目の説明に時間を費やしすぎで論理展開の部分がややおろそかになっている印象を受けました。それなりに脳内補完が必要だったと思います。「こうすることでここまでできたんだ」ということを見せ付けることでそのアプローチの有用性は示すことができるはずだしそのように示すべきで、口で説明すべきこととは思えませんでした。話すとしてもまとめで言うべきことではないでしょうか。

　以上、あいまいな記憶でとりあえず無理やりにでも突っ込んでみました。事実誤認など十分ありえますのでごちゅうい。何はともあれ無事に審査が終了しおめでとうございます。

　順調に予想通りの逆行が進行中。

　タイトルにちょっと問題がありますが(笑)、zshは確かにきちんと設定すれば最強のシェルではあると思います。以前はUnicode対応がダメダメだったのでGentooではbashですが最近は問題無く使えるようになっているようです(FreeBSDではzsh)。一応この連載は楽しみにしておきましょう。