幾霜::残日録::2008/09/08 (月)

　やっと分かってきた。何とかなるかもしれません。

　以下のコマンドで、データファイルを読み込み、無作為配列付加による初期系統樹を生成し、TBR樹形改変による樹形探索を行います。反復数は10回で、得られた系統樹をtree.treに保存します。

procedure data.nex
mult = tbr replic 10;
export - tree.tre;

ところがこの系統樹、OTU名が数字に置き換えられているんですよねぇ。変なことすんなよなぁ。

追記 - 23:35:37
　データ配列を含むNEXUSファイルの末尾に、以下のような記述を加えた上で、「procedure ファイル名」コマンドによって読み込むことでバッチ処理を行うことも可能。

Begin TNT;
mult = tbr replic 10;
export - tree.tre;
quit;
End;

追記 - 2008/09/09 00:20:05
　ちゃんと系統樹のOTU名を文字列で出力する方法が用意されていました。以下のコマンドをexport前に実行すればOK。

taxname =;

追記 - 2008/09/09 01:08:25
　樹形制約付きの樹形探索を行うには、multコマンドの前に以下のコマンドを実行すればいいようです。

force / (A B (C D));
constrain =;

これでCとDのmonophylyが適用されます。ただし、デフォルトではデータファイルの先頭にあるOTUが外群に指定されており、外群を含む樹形制約は適用できません(constrainコマンドで制約を有効化した際にエラーになる)。というわけで、そのようなエラーが出る場合は

outgroup A;

などと事前に設定しておきます。なお、外群は1OTUしか指定できないようです。

　配列データの形式はNEXUSとすると、

procedure ファイル名

で配列ファイルを読み込むことができる。

ということがやっと分かった。データの読み込みの段階でこれか。ここまでマニュアルの出来が酷いソフトは初めてです。こんなんだから誰も使わないのね。

　出力するのにコマンドを打たなくてはならないというのはいかがなものか。

　ま、とりあえず、以下のコマンドでテキストファイルに保存可能。

log cmdref.txt
help*
log/
quit

　これで「cmdref.txt」にコマンドリファレンスが保存されるので頑張って読む。

　PAUP*を必要としないようにしたくてTNTが使えないかと試してみたのですが、さっぱり使い方が分かりません。もうね、配列の読み込みすら分からないなんてどんなUIですか。付属のTNT形式の配列なら読み込みできますが、他の形式から変換する方法は?

　スクリプトの言語仕様書も無いので全くコードが書けません。UIの出来が悪くて文書無しに使えない上に仕様書も無いソフトをいくら無償公開されても誰も使いようが無いと思うのですが。

追記 - 21:24:40
　配布ファイル中の「TNT.HTM」に多少説明は書いてあるのですが、やっぱりコマンドリファレンスみたいなものは無く・・・。いやこれで本人は書いたつもりなのか?

追記 - 21:31:10
　コマンドライン版で「help」コマンドを使うことで一応コマンド一覧は見られるし、「help コマンド名」でそのコマンドの機能が分かるようです。ということがやっと分かりました(笑)。配列はNEXUSがそのまま使えるようです。TNTコマンドは、NEXUSファイル中にTNTブロックを作って記述すればいいようです。何とかなるかもしれません。

追記 - 22:37:37
　helpで表示されるメッセージの読み方が分からない! あり得ん。

追記 - 22:41:13
　GUIメニューからの読み込みはできているので、せめてメニューから実行されているコマンドが分かればいいんですがねぇ。

　樹形制約付きの樹形探索結果からBayes factorを計算すると、制約無しの樹形探索で事後確率最大の系統樹が棄却されてしまう。そんなバカなorz。

追記 - 16:58:10
　KH/SH/AU/PB検定の結果だけ書くしかないですかねぇ。

追記 - 20:19:28
　棄却されて欲しくない仮説がParametric Bootstrapでも棄却されてしまいました・・・orz。どう見ても誤差程度の差しかないんですけどねぇ。敏感すぎるだろうに。うーん、どうしましょうかねぇ。

　あーあ、今朝ならまだ間に合ったのに。

　これこそBayes factorの多重比較用補正の話っぽいんですが、まったく理解できないorz。

   Overlay plot for both runs:
   (1 = Run number 1; 2 = Run number 2; * = Both runs)
+------------------------------------------------------------+ -2150.25
|           2                                                |
|                                                            |
|                                                           2|
|       2                1                1      2 2         |
|                               2     2                      |
|    1      11 *2 1   21      1          2              1    |
|1 1   2  2   1           1 1        2         21 1   21     |
|  2 2 11  2     22    22 2    2 2            2   2  112  2  |
|                          * 12        22     11    1   2    |
| 2 2            1  11  1        112 11      2   1 122   * 1 |
|        *1  2        1      2             12   2           1|
|   1 1    1  2    1            1       11                 2 |
|21   2             2               2                     1  |
|                  2 2      2     211  1   2                 |
|               1        2     1          2 11               |
+------+-----+-----+-----+-----+-----+-----+-----+-----+-----+ -2163.40
^                                                            ^
2500100                                                      4000000
   Estimated marginal likelihoods for runs sampled in files
      "filename.nex.run1.p" and "filename.nex.run2.p":
      (Use the harmonic mean for Bayes factor comparisons of models)
   Run   Arithmetic mean   Harmonic mean
   --------------------------------------
     1       -2140.85          -2207.51
     2       -2136.38          -2202.06
   --------------------------------------
   TOTAL     -2137.07          -2206.82
   --------------------------------------

追記 - 05:31:46
　調和平均の方はいくつか確認しましたが全てTracerの値と一致しました。これが間違っていたら話になりませんが、そこは大丈夫だったようです。しかし怖いですね。

追記 - 2008/09/10 02:08:53
　Tracerでブートストラップリサンプリングを用いて周辺尤度を推定する方法を用いるとSumPの吐き出す調和平均とは一致しません(当たり前ですが)。念のため補足しておきます。