幾霜

RSS / Last Update : 2019/01/20 23:28:54

移籍先を探しています。系統樹推定法やメタバーコーディング法などに詳しい研究者を探している方がおられましたらご一報下さい。

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2019/01/20 (日)

[Bicycle] Wilier Triestina GranTurismoR Team - 23:28:54

 昨年を振り返る記事1本目。

 昨年、某海外通販サイトでイタリアWilier TriestinaのGranTurismoR Teamというロードバイクフレームがありえない価格で販売されていた。日本で正規に購入する価格の半額以下である。カラーは完全に気に入ったとは言えなかったが、悪くはなかった。なのでポチった。実は、正月のセールでUltegra R8000のコンポも既に持っていたので、あまり他のパーツを集めなくても手持ちだけで1台組める状況だったこともあった。それで組み上げて乗ってみると、恐ろしく疲労が少ないすごいフレームであった。重量は軽くないが(しかも公式スペックは詐欺である)、長距離を走っても疲労が溜まらない点で十分に満足の行くものでした。今だと私の好きなRidleyのFenix SLが安く買えるのでそちらにするでしょうが(そちらの方がずっと軽いし)、非常に良い買い物だったと言えるでしょう。今年はこのバイクでビワイチするのが目標です。

2019/01/19 (土)

[Life] 毎日鍋 - 20:53:40

 年末年始で学内の食堂や売店が空いていなかった期間に、事前に買い出ししてきて鍋をやるようになった。現在は食堂や売店は平常営業に戻っているが、鍋は続いている。この部屋では魚料理を禁止されている(魚の環境DNA研究をしているのでコンタミ源になるからだ)ので、毎日豚肉や鳥つみれ鍋にしている。今日は40個598円のチルド餃子を買ってきて、半分使ってそのうちの半分を焼餃子、残り半分を鍋に投入した。来年度からは食事の確保が面倒なところに移籍するので、予行演習みたいなものか。あちらの調理器具環境がまだわからないので、自炊できるのかどうかわからないけれど。

2019/01/07 (月)

[Science] Paper of the year 2018 - 19:29:29

 昨年の中で最も感銘を受けた論文を紹介します。

Using archived television video footage to quantify phenology responses to climate change
 欧州の伝統ある自転車レース、「ツール・デ・フランドル」(ロンド・ファン・フラーンデレン)の映像アーカイブから植物のフェノロジーを読み取り、気候変動の影響を明らかにした論文。

HiMAP: Robust phylogenomics from highly multiplexed amplicon sequencing
 ゲノムまたはRNA-seqデータのある生物群の単一コピー遺伝子を探索し、多重整列してユニバーサルプライマーを作成してくれるパイプライン。これを使えば容易に対象分類群の単一コピー遺伝子用ユニバーサルプライマーが大量に作成できる。それを使って増幅し、産物を高スループットシーケンサで解読して繋げれば、高解像度・高信頼性の系統樹が比較的安価に得られる。

 以下はその他に記憶に残った論文のリストです。

Large-scale ocean connectivity and planktonic body size

Functional diversity and community assembly of river invertebrates show globally consistent responses to decreasing glacier cover

Retrieval of a million high-quality, full-length microbial 16S and 18S rRNA gene sequences without primer bias

Competition-colonization tradeoffs structure fungal diversity

How sea-level change mediates genetic divergence in coastal species across regions with varying tectonic and sediment processes

Mycorrhizal fungi mediate the direction and strength of plant–soil feedbacks differently between arbuscular mycorrhizal and ectomycorrhizal communities

Late Miocene–mid-Pliocene tectonically induced formation of the semi-closed Japan Sea, inferred from seawater Nd isotopes

Ocean currents and herbivory drive macroalgae-to-coral community shift under climate warming

High-resolution modeling of thermal thresholds and environmental influences on coral bleaching for local and regional reef management

Bayesian Divergence-Time Estimation with Genome-Wide Single-Nucleotide Polymorphism Data of Sea Catfishes (Ariidae) Supports Miocene Closure of the Panamanian Isthmus

Morphological and ecological adaptation of limpet-shaped top shells (Gastropoda: Trochidae: Fossarininae) to wave-swept rock reef habitats

Comparative phylogeography of diadromous and freshwater daces of the genus Tribolodon (Cyprinidae)

A generalist herbivore requires a wide array of plant species to maintain its populations

A Sequel to Sanger: amplicon sequencing that scales

Clustering huge protein sequence sets in linear time

MUMmer4: A fast and versatile genome alignment system

EukRef: Phylogenetic curation of ribosomal RNA to enhance understanding of eukaryotic diversity and distribution

fastp: an ultra-fast all-in-one FASTQ preprocessor

Simple statistical identification and removal of contaminant sequences in marker-gene and metagenomics data

[Life] あけましておめでとうございます。 - 19:12:39

 今年もよろしくお願いします。昨年は途中で力尽きて更新を止めてしまいましたが、今年こそということで今日から再開します。

a-News 2.11 "eve" 20051224

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