幾霜::残日録::2008/06/24 (火)

 

移籍先を探しています。系統樹推定法やメタバーコーディング法などに詳しい研究者を探している方がおられましたらご一報下さい。

2008/06/24 (火)

[Hardware] RICOH GX200 [デジカメWatch] - 15:41:49

 レンズバリアはまた無しか・・・と思ったら!

新たに、レンズの繰り出しに連動して開閉するレンズキャップ「LC-1」(1,680円)を追加する。

って!!! これか。装着時の見た目がまだよく分からないですが、悪くないオプションだ。

[Life] ぐは - 14:33:10

 MrBayesはSeparate modelではExtending TBRができないことを忘れていた。ギャップ情報を付加する前との比較をする場合、Extending TBRの有無が違うとなるとギャップ情報による変化なのかどうかわからなくなってしまう。というわけで計算をやり直し。でもProportional modelでええんかなぁ・・・。っつーかSymDiriHyperPrはExponential(1.0)とかにしたんやけどこれもこれでええんやろか。もちろんFixed(Infinity)でもやってますが。

[Life] 毒論進行中 - 05:04:18

 審査員に○○先生を入れてもいいか、とのお達し。いいんじゃないですかと返答。問題は系統学用語のオンパレードなので、毒論単体では理解できないのではないかという点。対面時にかなり説明をしなくてはならないと予想。そういう説明が一番難しいんだよなぁ。その場になって実は自分もよく分かっていなかったことが判明、なんてこともあり得るし。

[Internet|Software] Firefox 3の速度 - 04:33:38

 かなり速い。目に見えて違うのである種の感動が得られる。一部まだ対応していない拡張がありますが、アクティブに開発されているものは対応しているでしょう。私がFirefox 3を入れた際にはAll-in-One Gesturesが無効にされました。更新が検出されませんが、配布元には対応版がアップロードされています。また、FireGesturesという同種の拡張も対応済みです。私は今回FireGesturesに乗り換えました。

[Science|Software] 続・MrBayesのRate Multiplier - 02:56:43

 Dirichlet Parameterを5000.0にしてみたがダメでした。50000.0でうまくいっているのでこれでいいか。

[Science|Software] MrBayesのProposal Rate - 02:10:09

 確率行列と枝長は樹形によって最適値がかなり違うはずですから、他のパラメータよりもProposal Rateを上げた方がええんとちゃうかなぁ。ベイズ推定の事後確率が過大評価になりやすいのは、確率行列と枝長さえちゃんと最適化すれば最適系統樹と良い勝負になるはずの系統樹が、確率行列と枝長の最適化が進む前の評価によってすぐに最適系統樹に戻ってしまうところにあるんじゃないかと思うんですよねぇ。単純にProposal Rateを上げるだけではなくて、樹形が変わった直後の何世代かは樹形の変更を禁止してその他のパラメータの更新に費やすように強制してみてはどうだろうか。その間はサンプリング間隔の数には入れないようにして。しかし小手先感は拭えないなぁ。色々と問題もありそうやし。

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