幾霜::残日録::2013/11/13 (水)

 

移籍先を探しています。系統樹推定法やメタバーコーディング法などに詳しい研究者を探している方がおられましたらご一報下さい。

2013/11/13 (水)

[Science|Software] 最近のRAxMLとExaMLまとめ - 21:43:34

 RAxMLはascertainment bias (coding bias)の尤度補正に対応しました。おかげで形態データやindelデータを通常の塩基配列やアミノ酸配列と連結して解析することができるようになりました。補正なしでも計算はできますが、理論的にはマズイことになります。

 RAxMLがWindowsでのコンパイルに対応しました。MinGW-w64のGCCを使い、MakefileのLIBRARIESに指定されている-pthreadを-lpthreadに置き換えることでWindows版バイナリが生成できます。AVX対応バイナリが生成でき、系統樹推定も正常動作しました。AVX2対応バイナリの生成はうまく行っていません。今手元のGCCがAVX2非対応なのだと思います。

 ExaMLは樹形制約を課した系統樹推定が可能になりました。これは非常に重要な進歩です。これにより、対立仮説を満たす系統樹の中で尤度最大の系統樹を得ることができます。そうすれば、KH/SH/AU検定が可能になります。

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